水利科学与工程学院已经历了五十年的风雨历程。
1958年，社会主义建设蓬勃发展，为了更好地发展山西省的水利事业，在省城太原市的汾河东岸，创建了山西水利专科学校。于1959年正式招生，招收水利水电工程建筑专业和农田水利专业专科班各一个，学制二年。山西水利专科学校先后招收了两届专科学生，共154人。
1959年，学校将太原工学院土木工程系的给水排水工程专业纳入。该班为五年制本科，这是水利学院的第一个本科班。
1960年，为了适应祖国建设的需要，山西水利专科学校分成了两部分，一部分迁至运城安邑；一部分留在原校址开始了培养大学本科生的工作，学制为五年。当年招收水利水电工程建筑专业和农田水利专业各一个班。
1962年，根据国家经济形势发展的需要，山西省对高教事业整体布局进行了调整，山西水利学院并入太原工学院，更名为“水利工程系”，成为太原工学院最早的五个系之一，走上了稳步前进的轨道。从1959年到1965年，水利工程系共招收了五年制本科生七届，共451名学生，为祖国的水利事业培养了急需的高级人才。
二十世纪六十年代中期，文化大革命开始，1966年至1971年停止了招生。
1972年全国高校恢复招生。水利工程系亦于1972年招收水利水电工程建筑专业和农田水利工程专业各一个班，学制为三年。从1972年到1976年，招收了五届学生，共273人。在此期间，1972年至1974年，每年招收水利水电工程建筑专业和农田水利工程专业各一个班。1975年，增加了地下水开发与利用专业，当年招生三个班。1976年，仅招收农田水利工程专业一个班。
1977年，高等教育培养工作步入正规，恢复了高校招生考试。七七级学生通过考试，于1978年3月入校深造。1977年至1979年，水利工程系每年招收两个班，水利水电工程建筑专业和农业水利工程专业各一个班，其间1978年招收水文地质与工程地质专业一个班。1980年，招生6个班，水利水电工程建筑专业、农田水利工程专业、水文地质与工程地质专业各两个班。1981年至1983年，每年招生3个班，水利水电工程建筑专业、农业水利工程专业、水文地质与工程地质专业各一个班。
1984年，为适应山西省教育事业发展的需要，1984年4月，经省人民政府批准，太原工学院更名为太原工业大学，向理、工、管综合性理工科大学发展，为此，学校对系、学科、专业设置重新进行了调整。水利工程系开始招收4个班，水利水电工程建筑专业两个班，农业水利工程专业、水文地质与工程地质专业各一个班。1985年，在原三个专业的基础上，又增设了水资源开发与利用专业。从1985年至1987年，均为每个专业各招生一个班。从1988年开始，到1992年，农业水利工程专业停止单独招生，做为一个培养方向并入水利水电工程建筑专业。这段时期，水利水电工程建筑专业每年招收两个班，水文地质与工程地质专业招收一个班，水资源开发与利用专业停止招生。1993年到1996年，水文地质与工程地质专业改为隔年招生，即：1993年、1995年为招收两个水利水电工程建筑专业班；1994年、1996年招收水利水电工程建筑专业两个班，水文地质与工程地质专业一个班。1997年、1998年、1999年，都是招收两个水利水电工程专业班。
1998年，太原工业大学与山西矿业学院合并，成立了太原理工大学。同时设立了二级学院。水利工程系与土木工程系、环境工程系及建筑系合并成立了建筑与环境工程学院。从2000年开始，至2004年，农田水利工程专业恢复隔年招生，即：2000年、2002年、2004年招收三个班，水利水电工程专业两个班，农业水利工程专业一个班。2001年、2003年，招收两个水利水电工程专业班。
2004年，太原理工大学根据国民经济建设与社会发展对人才培养的要求，进行了院系调整，在原水利工程系的基础上成立了水利科学与工程学院，为水利工程学科建设与人才培养创造了更好的条件。从2005年开始，水利水电工程专业每年招收三个班，农业水利工程和水文水资源工程专业每年各招收两个班，办学规模扩大。
在进行本科教育的同时，水利工程系还非常重视学科建设，培养高层次人才。1979年，水力学及河流动力学学科首批硕士研究生入校深造，该年招生两名。由于水利工程系尚未有学位授予权点，所以，1993年前培养研究生的工作都挂靠在市政工程、结构工程、岩土工程学科点下。在此期间，共培养了硕士研究生9名。1993年，水力学及河流动力学学科点具备了学位授予权，开始独立承担起研究生的培养工作。1999年，水利水电工程学科硕士学位授予权点申报成功。2000年，水文学及水资源学科硕士学位授予权点申报成功。2003年，水工结构学科的首批硕士研究生亦步入校门。从1994年到2004年的十年间，水利工程系各学科共培养硕士研究生109名，是前十年的10倍。1999年，国务院学位办公室，为了适应国家经济建设发展，为工程单位培养高水平、高质量的管理、研究人才，设立了“工程硕士”专业学位。通过学校统一组织考试，水利工程系从水利系统的中坚力量中招收了首批学员。目前共培养水利工程领域工程硕士89名，为山西省的水利事业做出了贡献。
根据国家建设的人才需求，水利科学与工程学院从1997年开始了函授和夜大形式的专科和专升本继续教育，提高了基层水利工作者的专业素质。
五十年的奋斗，五十年的发展。在漫长的岁月中，水利人以不屈不挠的精神，忠诚党的教育事业，履行着祖国和人民所赋于的责任，办学实力不断加强，办学水平在不断提高，已成为水利工程领域高层次人才培养的重要基地。
